Nilen dannes af to floder, der samles i Khartoum i Sudan.

Mindst 65% af Nilens vand kommer fra Den Blå Nil, der starter ved Tanasøen i Etiopien.

Resten kommer fra Den Hvide Nil, der udspringer fra Victoriasøen i Uganda, om end denne sø næres af flere andre floder, som nogle medregner til Den Hvide Nil. Derefter passerer den gennem Uganda og Sudan.

Efter disse to floder støder sammen, hedder floden blot Nilen, og løber gennem resten af Sudan og Ægypten, før den løber ud i Middelhavet.

Hvis Den Hvide Nil og selve Nilen regnes for én flod, er den med sine 6.671 kilometer jordens længste.